A pesquisa vai informar as principais fontes de poluição, qual a sua origem, o tipo e a forma de contaminação da água. Também serão considerados outros aspectos na avaliação, estes relacionados ao uso dos rios, como os abastecimentos, irrigação, recreação, pesca, entre outros. Após as coletas, será criado um banco de dados sobre a qualidade das águas de cada região. O Programa tem um investimento de R$ 6,7 milhões do governo estadual.
Os técnicos e especialistas da Superintendência de Recursos Hídricos (SRH) já coletaram amostras das águas dos rios das bacias do Recôncavo Norte e Inhambupe, Rio Real e Vaza Barris, Chapada Diamantina e Extremo Sul e estão atuando nos rios Jiquiriçá, Rio de Dona, Rio Una e Rio Jaguaripe, na Bacia do Recôncavo Sul. A bacia do Rio das Contas e dos Rios Pardo e Jequitinhonha e a bacia do Leste também estão no cronograma de coletas para análise.
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